財団法人や社団法人、NPO法人などの場合、会計基準はそれぞれの会計基準によって差し支えないでしょうか。

それぞれの会計基準によって頂いて差し支えありません。

なお、これらの者については、「保育所の設置認可等について」(平成12年3月30日付児発第295号厚生省児童家庭局長通知)においては、企業会計の会計基準による会計処理を行っている者と同様の取扱いとなります。