施設において、実費徴収金のほか、上乗せ徴収をしてよいでしょうか。

総務省FAQ上上乗せ徴収は、
「教育・保育の質の向上を図る上で特に必要であると認められる対価について保護者に負担を求めるもので、例えば、公定価格上の基準を超えた教員の配置や平均的な水準を超えた施設整備など、公定価格で賄えない費用を賄うために徴収するものです。上乗せ徴収は、施設の種類や子どもの認定区分によらず、各施設・事業所の判断で実施することができますが、私立保育所については、市町村との協議により承認を得ることが必要です。」
と記載されています。

総務省FAQ上、私立保育所以外は上乗せ徴収は施設判断でできるものと解釈できますが、市の認可施設の位置づけから過度な上乗せ徴収は、他施設との均衡性・公平性を欠く恐れがあるため好ましくないと判断します。

そのため、当市においては、認定こども園以外の特定・教育施設については、原則、上乗せ徴収は行わない運用とします。 また、上乗せ徴収する場合については、所管課の協議を必須とすることとします。

特定教育・保育施設指導監査Q&A【福島市第3版】